주요판결
| 제목 | 법인이 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것이 적법한지 여부 등이 문제 된 사건[대법원 2026. 10. 30. 선고 중요판결] | ||
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2022두33811 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 등 (나) 상고기각 [법인이 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것이 적법한지 여부 등이 문제 된 사건] ◇1. 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소된 경우 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 있는지 여부(소극) 및 행정소송법 제13조 제1항에서 정한 '그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때'의 의미, 2. 법인이 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것이 적법한지 여부(원칙적 적극), 3. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16608호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항에서 정한 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’의 의미 및 그 비용에 해당하는지 판단하는 방법 및 사회질서에 위반하여 지출된 비용이 위 조항에서 정한 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이나 ‘수익과 직접 관련된 비용’에 해당하는지 여부(원칙적 소극), 법인의 대표자 등의 주도로 분식회계가 이루어지고, 이를 기초로 한 성과급의 지급이 배임적인 것으로 평가되는 경우, 이러한 성과급은 사회질서를 위반하여 지출된 비용으로서 손금에 산입할 수 없는지 여부(적극), 4. 법인세법상 이자채권의 권리확정 여부에 대한 판단 기준◇ 1. 가. 위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고, 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호ㆍ구제하고자 하는 소송이므로, 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소된 경우에는 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두4369 판결 등 참조). 나. 행정소송법 제13조 제1항은 “취소소송은 다른 법률에 특별한 규정이 없는 한 그 처분 등을 행한 행정청을 피고로 한다. 다만, 처분 등이 있은 뒤에 그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때에는 이를 승계한 행정청을 피고로 한다.”라고 규정하고 있다. 여기서 ‘그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때’라고 함은 처분 등이 있은 뒤에 행정기구의 개혁, 행정주체의 합병ㆍ분리 등에 의하여 처분청의 해당 권한이 타 행정청에 승계된 경우뿐만 아니라 처분 등의 상대방인 사인의 지위나 주소의 변경 등에 의하여 변경 전의 처분 등에 관한 행정청의 관할이 이전된 경우 등을 말한다(대법원 2000. 11. 14. 선고 99두5481 판결 참조). 법인세법 제9조 제1항, 제11조 제1항에서는, 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점 또는 주사무소의 소재지이고, 법인은 납세지가 변경된 경우에는 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 변경 후의 납세지 관할 세무서장에게 이를 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 국세기본법 제43조 제1항, 제44조, 국세기본법 시행령 제24조에서는, 과세표준신고서는 신고 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 하고, 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 하되, 관할 세무서장 외의 세무서장에게 제출되는 과세표준신고서에 대해서는 관할 세무서를 밝혀 그 세무서장에게 제출하도록 하여야 하며, 이 경우 해당 과세표준신고서를 접수한 후 소관이 아님을 알게 되었을 때에는 그 신고서를 관할 세무서장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 2. 가. 법인이 분식회계로 법인세를 과다하게 신고ㆍ납부하였다가 사후에 즉시 환급을 구하는 경우 이를 제한할 수 있는지에 관하여는 과거 별도의 규정이 없었다. 그러다가 법인세법이 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되면서, 기업이 사실과 다른 회계처리로 우량기업을 가장함으로써 주주ㆍ채권자 및 사회에 적지 않은 피해를 초래하고도 분식회계 후 세금을 그대로 환급받는 것을 제한하기 위한 조문이 신설되었다. 즉, 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법인세법’이라고 한다) 제58조의3, 제66조 제2항 제4호, 제72조의2(이하 통칭하여 ‘개정 전 세액공제환급 규정’이라고 한다)는, 일정한 요건이 충족되는 경우, 분식회계로 과다 납부한 세액은 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 동안 각 사업연도의 법인세액에서 공제하고, 공제 후 남은 금액이 있으면 해당 환급금과 환급가산금을 즉시 지급하도록 규정하였다. 이후 분식회계에 대한 제재를 더욱 강화하기 위해 개정 전 세액공제환급 규정의 내용이 개정 후 법인세법 제58조의3(이하 ‘개정 후 세액공제환급 규정’이라고 하고, 개정 전 세액공제환급 규정과 통틀어 ‘개정 전후의 세액공제환급 규정’이라고 한다)으로 통합되면서(위 제66조 제2항 제4호, 제72조의2는 삭제됨), 개정 후 세액공제환급 규정이 정한 요건이 충족된 경우, 과다 납부한 세액은 그 100분의 20을 한도로 각 사업연도의 법인세액에서 공제되고, 남은 금액은 이후 사업연도에 이월하여 공제되도록 하였다. 법인세법 부칙(2016. 12. 20.) 제1조 본문은 “이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.”라고 규정하고, 부칙 제2조는 일반적 적용례에 관하여 “이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다. 부칙 제5조는 “제58조의3의 개정규정은 이 법 시행 이후 경정하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라고 한다). 나. 이 사건 부칙규정은 앞서 본 바와 같이 ‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제에 관한 적용례’로서, 2017. 1. 1. 이후 과세관청이 경정하는 분부터 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 정하고 있다. 그리고 여기서의 ‘경정’은 납세자의 ‘경정청구’와는 구별되는 용어로서, 과세관청이 납세자의 경정청구를 받아 직권으로 행하는 ‘경정결정’이라는 점 역시 그 문언으로부터 도출된다. 이에 따라 분식회계로 법인세를 과다하게 신고ㆍ납부한 납세자인 법인이 개정 후 법인세법의 시행일인 2017. 1. 1. 이전에 개정 전 세액공제환급 규정에 따라 경정청구를 하였을지라도, 과세관청이 2017. 1. 1.이 도과한 이후에 경정결정을 하게 된 경우에는 과세관청이 정당한 이유 없이 처리를 지연하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 개정 후 세액공제환급 규정이 적용된다고 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 1) 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이다. 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도, 그러한 사실 또는 법률관계가 개정 법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없다. 다만, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 여지가 있을 따름이다. 그리고 이러한 신뢰보호의 원칙 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교ㆍ형량하여야 한다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 전원합의체 판결, 대법원 2009. 9. 10. 선고 2008두9324 판결 등 참조). 2) 개정 후 세액공제환급 규정은 분식회계에 대한 제재를 한층 강화하기 위해 도입되었다. 이 사건 부칙규정은 개정 후 법인세법의 시행 전에 과세관청이 경정청구를 인용하는 감액경정을 함으로써 이미 성립한 납세자의 환급청구권에 대해 소급하여 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 한 것이 아니라, 개정 후 법인세법의 시행 후에 이루어진 과세관청의 감액경정에 따른 환급청구권에 한하여 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 하고 있다. 따라서 경정청구가 개정 전 법인세법이 시행될 당시에 있었더라도 과세관청의 경정결정 당시의 개정 후 세액공제환급 규정을 적용한다고 하여 이를 소급입법이라 할 수는 없다. 3) 기업의 재무상태에 관한 정보를 허위로 제공함으로써 거래상대방의 의사결정을 왜곡시키고 더 나아가 투자자와 채권자 등을 기망하여 시장의 신뢰기반을 훼손하는 행위인 분식회계의 경우, 이를 저지른 납세자가 통상의 경정청구와 마찬가지로 아무런 제약 없이 분식회계 후 세금을 돌려받는 것은 사회적으로 쉽게 용인되기 어렵다. 개정 전 세액공제환급 규정 역시 분식회계에 대해 세제상 불이익을 주기 위한 조항으로서 위 규정이 이미 도입된 것 자체만으로 분식회계를 저지른 자에 대해 조세법적 측면에서 모종의 제약이 따르리라는 점이 납세자에게 일반적으로 받아들여진 것으로 볼 수 있기도 하다. 따라서 분식회계를 저지른 납세자로서는 경정청구 당시 자신에게 상대적으로 유리한 내용의 개정 전 세액공제환급 규정이 과세관청의 향후 경정결정 시점까지 그대로 존속되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없고, 그러한 기대나 신뢰가 개정 후 세액공제환급 규정의 적용에 관한 공익상 요구보다 더 보호가치가 있다고 하기도 어렵다. 4) 나아가 개정 후 세액공제환급 규정이 적용되기 위해서는 ‘과세표준 및 세액을 과다하게 계상한 것에 대하여 납세자가 경정을 청구하여 경정을 받은 경우’로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하게 된 이유가 ‘수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상한 것’, 즉 분식회계에 기인하고(개정 후 법인세법 제58조의3 제1항 제1호), 이러한 분식회계에 관하여 금융당국의 제재조치를 받을 것(같은 항 제2호)의 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. 이는 조문 위치 등이 달라졌을 뿐 개정 전 세액공제환급 규정에서도 마찬가지이다. 이처럼 개정 전후의 세액공제환급 규정에서, 환급의 원인이 된 감액경정이 분식회계로 인해 이루어질 것을 요하면서, 더 나아가 금융당국의 제재조치를 받을 것을 명시적인 요건으로 정한 것은, 과세관청이 경정결정을 하는 시점에 이르러 금융당국의 제재조치를 분식회계 유무의 판단 기준으로 삼기 위해서라고 봄이 타당하다. 즉, ‘금융당국의 제재조치’라는 요건은 ‘납세자의 경정청구’를 금융당국의 제재조치가 있은 뒤의 것으로 시간적으로 한정함으로써 개정 전후의 세액공제환급 규정이 적용될 수 있는 범위를 제한하기 위한 취지라고 볼 수 없다. 따라서 금융당국의 제재조치는 과세관청이 경정결정을 하는 시점까지 있으면 족한 것이지, 개정 전후의 세액공제환급 규정이 적용되기 위해 금융당국의 제재조치가 납세자가 경정청구를 하기 이전에 이루어질 것을 요하는 것은 아니다. 5) 개정 전후의 세액공제환급 규정은 물론 이 사건 부칙규정에서의 각 ’경정‘은 과세관청이 경정청구에 따라 실제 행하는 경정결정을 의미한다. 구 국세기본법 제45조의2 제3항 단서는 경정청구를 한 자가 경정청구 이후 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 위 단서 규정에 따라 간주되는 과세관청의 거부처분은 여기서의 ‘경정’에 해당하지 않는다. 개정 전후의 세액공제환급 규정 및 이 사건 부칙규정에서의 각 ‘경정’이 경정청구 이후 2개월이 경과하기 전에 이루어진 것으로 제한된다고도 볼 수 없다. 3. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조는 제1항에서 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제2항에서 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다. 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조). 법인의 대표자나 해당 법인을 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하고 있는 자가 분식회계를 통해 해당 법인의 경영성과를 부풀린 다음 이를 토대로 일정 수준의 목표달성을 전제로 하는 성과급을 임직원 등에게 지급하는 경우, 이러한 성과급은 그 지급이 배임적인 것으로 평가되는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용으로서 구 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용이나 수익과 직접 관련된 비용’에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2026. 8. 12. 선고 2022두42020 판결 참조). 4. 법인세법 제40조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 이때 익금 확정이란 과세대상 소득이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었음을 의미한다. 법인세법에서는 소득세법상 이자소득과는 달리 채무자의 무자력으로 인한 회수불능의 채권을 법인의 각 사업연도 소득을 계산할 때 대손금으로 익금에서 공제되는 손금에 산입하게 되어 있다. 이를 고려하면, 법인세법상 이자채권으로 인한 소득의 확정은 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었는지의 여부에 따르는 것이 타당하고, 채무자의 자산 부족으로 이자채권이 현실적으로 변제될 가능성이 없다는 사정은, 회수불능으로 확정된 때에 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이다(대법원 2005. 5. 26. 선고 2003두797 판결 등 참조). ☞ 원고(조선업체)는 분식회계를 통하여 영업이익이 적자인데도 흑자인 것처럼 꾸며오다가, 분식회계가 발각되자 재무제표를 정정공시한 다음 당시 관할 세무서장인 피고 A 세무서장에게 분식회계로 법인세 과세표준ㆍ세액이 과다 신고ㆍ납부되었다는 이유로 2013ㆍ2014 사업연도 법인세 등에 대한 감액경정 및 환급청구를 하였고, 피고 A 세무서장이 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 통지하지 않자 간주 거부처분에 대하여 불복을 제기하였음. 이후 분식회계로 과다 납부한 세액의 환급방법에 관하여, 개정 전 세액공제환급 규정(5년간 세액공제 후 환급)이 개정 후 세액공제환급 규정(기간 제한 없이 세액공제만 허용)으로 개정되었는데, 원고의 본점 이전 후의 관할 세무서장인 피고 B 세무서장은 ① 분식회계로 성과급 지급 조건을 충족한 것처럼 꾸며 임직원들에게 지급한 성과상여금 손금불산입, ② 경영난을 겪는 선주사들에 상환 기간을 유예해주면서 받기로 약정하고도 익금에 산입하지 않은 미수이자 익금산입, ③ 아랍에미리트 소재 회사에 지급한 컨설팅 자문료 손금불산입, ④ 자회사에 지급한 비교적 고가의 설계용역비 부당행위계산 부인 후 손금불산입, ⑤ 퇴직 임원 등을 고문으로 선임한 후 지급한 고문료 손금불산입 등을 하여 원고의 경정청구 중 일부를 거부하고 원고의 2013ㆍ2014 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 일부 감액경정하면서, 감액된 세액의 환급에 관하여 개정 후 세액공제환급 규정에 따라 세액공제 방식을 적용하였음. 한편, 피고 A세무서장은 원고가 사내협력사에 지원금으로 지급하여 매입세액 공제받았던 금액 및 원고 소속 직원이 자금 착복 과정에서 허위의 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제받았던 금액을 매입세액 불공제하여 2012년 1기~2015년 2기 각 부가가치세를 부과한 사안임 ☞ 원심은 쟁점별로 다음과 같이 판단하였음 - (1) 원고가 본점 이전 전 관할 세무서장을 상대로 경정청구의 간주 거부처분에 대한 불복을 제기하였는데, 본점 이전 후 관할 세무서장이 경정청구를 일부 거부하는 처분을 명시적으로 한 경우, 원고가 본점 이전 전 관할 세무서장을 상대로 간주 거부처분의 취소를 구하는 소는 권리보호이익 및 피고적격 흠결로 부적법함 - (2) 원고가 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것은 적법함 - (3) ‘① 분식회계에 기초한 성과상여금’은 사회질서를 위반하여 지출된 것으로서 손금에 해당하지 않고, ‘② 상환유예약정에 따른 이자수익’은 약정 지급일이 속하는 사업연도에 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었다고 볼 수 있어 위 사업연도의 익금에 산입되어야 하며, ‘⑤ 퇴직 임원 등에게 지급한 고문료’에 관하여 세무조사결과통지 당시 소득구분이 ‘상여’로 기재되었다 하더라도 절차상 하자가 있다고 할 수 없고, 고문들이 구체적으로 수행한 업무 활동 내용이 확인되지 않는 점 등에서 고문료가 손금의 요건을 갖추었다고 보기 어려우므로, 피고 B 세무서장의 처분 중 성과상여금, 이자수익, 고문료에 관한 부분은 적법하지만, ‘③ 아랍에미리트 소재 회사에 지급한 컨설팅 자문료’는 선박 수주 과정에서 사업상 필요에 따라 지출한 것으로서 손비 요건을 충족하고, ‘④ 자회사에 지급한 설계용역비’는 피고 B 세무서장이 비교 대상으로 삼은 거래단가가 ‘시가’에 해당한다거나 설계용역비의 지급에 경제적 합리성이 결여되었다고 보기 어려워 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다고 보아 피고 B 세무서장의 처분 중 컨설팅 자문료, 설계용역비 관련 부분은 위법하여 취소되어야 함 - (4) 원고가 사내협력사들에 지급한 지원금이 사내협력사들로부터 제공받은 용역과 대가관계가 인정되어 매입세액 공제의 대상이 되고, 원고 소속 직원이 자금 착복 과정에서 원고 매입처로부터 허위의 세금계산서를 발급받음으로써 원고가 공제받은 매입세액에 관하여 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 것으로 볼 수 없어 10년의 장기부과제척기간과 부당과소신고가산세가 적용될 수 없음 ☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함 |
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