판례속보
| 제목 | 주식회사 한국거래소가 소프트웨어 개발업자에게 ‘한국거래소 매매체결 시스템’의 개발을 위탁하고 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’)상 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부가 문제된 사건[대법원 2024. 12. 12. 선고 중요 판결] | ||
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| 작성자 | 법원도서관 | 작성일 | 2024-12-20 |
| 조회수 | 1048 | ||
| 첨부파일 | 대법원_2021두48359(비실명).hwpx 대법원_2021두48359(비실명).pdf | ||
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2021두48359 법인세경정거부처분취소 (바) 파기환송(일부) [주식회사 한국거래소가 소프트웨어 개발업자에게 ‘한국거래소 매매체결 시스템’의 개발을 위탁하고 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’)상 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부가 문제된 사건] ◇1. ‘한국거래소 매매체결 시스템’의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부(적극) 2. 조세특례제한법 시행령의 개정으로 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 전담부서등에서 직접 수행하지 않은 위탁연구개발비용이 연구개발비 세액공제 대상에서 제외되었는데, 원심이 수탁업체의 전담부서등이 2013 및 2014 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지에 관하여 필요한 심리를 다하지 않았는지 여부(적극)◇ 1. 구 조특법 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.‘고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용‘으로 정의하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 본문은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.”라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ’과학기술활동‘이라 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ’서비스활동‘이라 한다)을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 원심은, 원고가 수탁업체에 위탁하여 이 사건 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였고, 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 기존 시스템의 기능을 일부 개선하거나 변경하는 것을 넘어 이 사건 시스템의 알고리즘을 전면적으로 재설계하여 변경하였으며, 이 사건 시스템 개발과정에서 주식회사 코스콤과 공동명의로 다수의 특허를 등록하였다는 등 그 판시와 같은 사정을 종합하여, 이 사건 시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당한다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 원고가 수탁업체와 체결한 용역계약에 도급계약과 유사한 내용의 약정이 포함되어 있더라도 이는 통상의 용역계약에 포함되는 수탁업체의 일반적인 의무조항에 불과하고, 이 사건 시스템 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실의 위험성은 여전히 원고가 종국적으로 부담하고 있다는 등 그 판시와 같은 이유를 들어, ’쟁점 비용은 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용에 불과하여 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 없으므로 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다.‘는 피고의 주장을 배척하였다. 원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 과학기술활동 및 연구개발 위탁비용의 판단기준에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 2. 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령(이하 ’2013년 개정 조특법 시행령‘이라 한다)의 별표 6 제1호는 구 조특법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 쟁점 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비의 범위를 ’자체연구개발‘과 ’위탁 및 공동연구개발‘로 나누어 규정하고 있는데, 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ’위탁적격기관‘이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있다. 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ’국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였다(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다). 한편, 2013년 개정 조특법 시행령의 부칙 제2조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)은 “이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다. 그리고 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법의 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2013. 1. 1.로 규정하면서, 제2조 제1항에서 ‘이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있다. 이러한 관련 규정의 입법취지와 개정연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 이 사건 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 개정규정은 원고의 2013 사업연도 분부터 적용되므로, 쟁점 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분은 이 사건 개정규정에 따라 수탁업체의 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 쟁점 세액공제의 적용대상이 된다고 봄이 타당하고, 피고 역시 같은 취지에서 ‘수탁업체의 전담부서등에서 직접 연구개발용역을 수행하였다는 증명이 없는 한 쟁점 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분에 대해서는 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다.’고 주장하였다. 그런데도 원심은 ‘수탁업체의 전담부서등이 2013 및 2014 사업연도에 이 사건 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지 여부’를 심리하지 않은 채 그 판시와 같은 이유만으로 쟁점 비용 전액에 대하여 쟁점 세액공제를 적용할 수 있다고 보아 이 사건 처분을 전부 취소하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 개정규정의 적용시기 등에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하거나 판단을 누락하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다. ☞ 원고는 소프트웨어 개발업자에게 ‘한국거래소 매매체결 시스템’의 개발을 위탁하고 위탁개발비용으로 수탁업체에 지급한 비용(이하 ‘쟁점 비용’)이 구 조특법상 연구개발비 세액공제(이하 ‘쟁점 세액공제’) 적용대상에 해당한다고 주장하면서 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 거부되자, 피고를 상대로 경정처분 거부처분의 취소를 청구함 ☞ 원심은, 이 사건 시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하고, 원고가 수탁업체와 체결한 용역계약에 도급계약과 유사한 내용의 약정이 포함되어 있더라도 이 사건 시스템 개발의 불확실성으로 인한 위험성은 원고가 종국적으로 부담하므로, 쟁점 비용은 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용에 불과하여 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다는 피고의 주장을 배척하고, 쟁점 비용 전액에 대하여 쟁점 세액공제를 적용할 수 있다고 보아 이 사건 처분을 전부 취소하였음 ☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심이 수탁업체의 전담부서등이 2013 및 2014 사업연도에 이 사건 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지에 관하여 필요한 심리를 다하지 않았다고 보아, 원심판결 중 2013 및 2014 사업연도 법인세 부분을 파기·환송함 |
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